KiCadは予め3Dの部品ライブラリを作っておくことで、VRML形式（.wrl）の３Dデータを出力できます。VRMLはもともとWeb上で手軽に確認するために開発されたフォーマットのようで、所謂３D-CADのソリッドデータのように複雑な情報は持っていないのですが（単位系の指定も無かったように思います）、ブラウザとプラグインがあれば見ることが出来るので、ちょっとした確認には便利です。
ただ、VRMLフォーマット自体があまり使用されなくなっていたり、上述の理由のため直接３D-CADで確認、干渉チェックするという用途には向きませんが、IDF形式のデータを作成できれば、多くの３D-CADと簡単に連携できる可能性があります。
IDF形式のデータとは、プリント基板CADと３D-CADのやり取りをするための中間フォーマットで、自由に使用することが出来ます。基板外形、板厚、部品座標、部品高さ、禁止領域などを設定できるTXT形式のデータです。
IDFデータは、プリント基板と同様に部品をライブラリファイルとして管理できるので、IDF用のライブラリファイルを作成（或いは抽出）できれば、あとは基板外形、板厚、部品座標、部品の搭載面などの情報を組み合わせて作成することが出来ます。
IDFデータは、SolidWorks、Pro-engineerの２つではやり取りをした事があります。その他の3D-CADについては不明ですが、コンバータさえあればIDFからIGESなどへ変換をかけることも可能と思います。
３D-Cadとプリント基板CADの連携が個人レベルで可能になれば、もっとモノづくりの可能性が広がりますね。